Еще при жизни завоевателя огромная империи была разделена между его четырьмя сыновьями. Посыльные, способные преодолевать до 200 миль в день держали Чингисхана в курсе их дел и походов. С такой системой и таким отцом, естественно, ни у кого не возникало и мысли о разъединении. Однако в следующем поколении, когда его внуки наследовали отдаленные земли империи, такого естественного единении уже не было.

Это было поколение Хубилая. Его отцом был самый младший из сыновей Чингисхана, но, тем менее его семья стала самой могущественной спустя двадцать пять лет после смерти великого хана. В 1351 г. Мункэ старший брат Хубилая, был избран великим ханом и стал четвертым, кто получил право носить этот титул Чингисхана. Он поручил Хубилаю продолжить завоевание Китая, другому своему брату, Хулагу, приказал идти на юго-запад через Иран. К 1258 г. Хулагу захватил и разрушил Багдад, через четыре года он уже взял Дамаск и достиг Средиземноморья. Три брата сформировали пирамиду власти, в которой вершиной был Мункэ, расположившись в самом сердце Монголии, в столичном городе Каракорум; Хубилай владел землями у Северо-Китайского моря, Хулагу — у Средиземного моря. Однако в 1259 г. Мункэ умер.

Практически сразу же признаки разлада стали очевидными. На востоке Хубилай воевал со своим младшим братом, и ему понадобилось четыре года, чтобы утвердить свои притязания на титул Великого хана - и это был первый случай, когда внутрисемейные вопросы решались с помощью оружия. В то же самое время Хулагу воевал на Кавказе со своим двоюродным братом, который правил землями Золотой орды на юге России. Отчасти причиной войны был захват новых территорий, отчасти — вопросы религиозного характера. Двоюродный брат принял ислам и с негодованием воспринял жестокое завоевание халифата, осуществленное Хулагу, продолжавшим придерживаться семейных шаманских верований. Эта война имела одно незначительное, но крайне любопытное последствие, которое не мог предвидеть ни один из братьев. Однажды они задержали двух венецианских купцов: Никколо и Маттео Поло, которые вели торговлю в землях возле Каспийского моря. Им настоятельно предлагали продолжить путь на восток, так как в сложившейся ситуации это был наиболее безопасный маршрут, и они с неохотой вняли этому совету.

Тем временем хан Хубилай-хан все больше ассимилировался в Китае. В 1260 г. он сделал Пекин расположенный к югу от Великой стены, своей зимней столицей, а спустя семь лет начал масштабное восстановление и реконструкцию города, практически полностью разрушенного в 1215 г. его дедом. Видимо, он осознал, что произошло смещение «центра тяжести» в его империи. В 1271 г. он объявил о создании новой китайской династии, для которой избрал китайское название Да юань, что переводится как «Великое начало», и стал ее первым императором. По китайской традиции Чингисхану дали посмертное имя Taй-цзу которое означает «Великий предок». Наступление армии Хубилая в южном направлении на земли, контролируемые династией Сун, продолжалось еще несколько лет, пока, наконец, в 1276 г. он не подчинил себе Ханчжоу. Через три года последние очаги сопротивления сунской династии были уничтожены. Сыном Неба стал Великий хан. Никогда раньше Китайская империя не достигала таких огромных размеров однако, по правде говоря, власть Хубилая как Великого хана над его отдаленными родственниками была чисто номинальной.

С самого начала Хубилай выказывал намерение править, придерживаясь традиционной китайской системы управления. Даже когда его власть распространялась только на поместье, выделенное ему братом в долине р. Вэй, он установил в Сиани традиционную китайскую административную систему. Однако в одном существенном вопросе ему пришлось отклониться от традиционного китайского образца.

Будучи завоевателем, он по очевидным причинам предпочитал саму китайскую систему государственной службы китайским чиновникам. Нескольким отдельно отобранным ученым были предложены соответствующие должности, однако государственные экзамены были приостановлены и возобновлены только в 1315 г., когда сама их система была изменена так, чтобы работать против китайских кандидатов. С другой стороны, среди монголов было мало людей, способных занять высокие посты в администрации. Решением Хубилая стало привлечение иностранцев, значительная поддержка которых стала возможной благодаря стабильности в Центральной Азии.